El órgano supremo de gobierno y administración de la Joven Orquesta Sinfónica de Valladolid es la Junta Directiva. De acuerdo con el Reglamento Interno de 2017, está formada por el Gerente, designado por la Fundación Eme, que la preside; el delegado, elegido democráticamente; y de dos a cinco vocales, con o sin responsabilidad específica.
Asimismo, el Patronato de la Fundación Eme, como entidad de la que emanan la existencia y personalidad de la agrupación, es la encargada de designar al Gerente y al Director musical, así como de dotar de presupuesto a la JOSVa, representarla en el exterior y velar por su correcto funcionamiento.
Por la tradición histórica y los acuerdos suscritos entre las partes, el Consejo de la Asociación Cultural «Antonio Salieri» sirve como órgano asesor, en materia artística, al Director musical.